يتكون الهيكل التنظيمى للجهاز من:
1- مجلس إدارة الجهاز: هو السلطة المهيمنة على شئون الجهاز وتصريف أموره. ويشكل مجلس إدارة الجهاز برئاسة السيد رئيس مجلس الوزراء وعضوية كل من:
- وزيرة التجارة والصناعة والرئيس التنفيذي للجهاز
- وزيرة التعاون الدولى
- وزيرة التخطيط والمتابعة والإصلاح الإداري
- وزير المالية
- وزير التنمية المحلية
- وزير الشباب والرياضة
- إلى جانب مجموعة من الخبراء المتميزين في مجالات الاقتصاد والتنمية.